این اصل قانون اساسی بر سه محور استوار است؛
الف) به رسمیت شناختن جرائم سیاسی و مطبوعاتی
ب) علنی بودن محاکمه
ج) رسیدگی در حضور هیات منصفه.
بیشترین مناقشه در خصوص اجرای این اصل در دوره ریاست جمهوری جناب آقای خاتمی (دوره های هفتم و هشتم ریاست جمهوری) و باز شدن فضای سیاسی و مطبوعاتی و فرهنگی کشور انجام گرفت. اصل مغفول شده فوق طی سال های ۱۳۸۴و۱۳۷۶یکی از مباحث مهم در محافل خبری و مطبوعاتی بود. در این زمان رسانه ها به نقل از ریاست جمهوری وقت جناب آقای خاتمی نوشتند؛ «زندانی سیاسی و مطبوعاتی در کشور نداریم.» اما ایشان در جلسه یی که با جوانان داشتند در پاسخ به سوال یکی از حضار در این خصوص خدا را به شهادت گرفتند که چنین سخنی را نگفته اند و تأکید کردند؛ «زندانی سیاسی داریم.»
جناب آقای شاهرودی رئیس محترم قوه قضائیه سابق در واکنش به اظهارات رئیس جمهور فرمودند؛ « ما زندانی سیاسی نداریم زیرا هنوز مجلس چنین چیزی را تصویب نکرده و در این باره مصوبه ای وجود ندارد، بنابرین دادگاه نمی تواند بر اساس مبانی حقوقی حکم کند.» (روزنامه شرق ،۱۳۸۳ : ۶ )
جناب آقای موسوی اردبیلی، رئیس اسبق قوه قضائیه در این مورد اظهار داشتند؛ «اسلام جرم را به سیاسی و غیرسیاسی تقسیم نکرده، جرم سیاسی وارداتی است. می‌گویند شما برخلاف وظایف سیاسی عمل کرده اید، اگر حرام است برای همه است. جرائم سیاسی در دنیا مشهور و مشخص است، در اسلام جرم سیاسی نداریم. البته چون همه به قانون اساسی رأی داده‌اند باید به آن عمل کرد. (روزنامه ابرار ،۱۳۸۳: ۴ )
جناب آقای الهام استاد حقوق دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران و عضو محترم شورای نگهبان و سخنگوی فعلی دولت نهم در این خصوص فرمودند؛ «نیاز به تعریف جرم سیاسی نداریم.» (روزنامه ابرار اقتصادی، ۱۳۸۳: ۵ )
در هنگام طرح و بحث و بررسی این اصل در مجلس خبرگان اول (مجلس بررسی پیش نویس قانون اساسی) که اکثریت آن را علما و روحانیون بلندپایه و طرازاول کشور تشکیل می‌داند، هیچ یک از آن ها منکر جرم سیاسی در اسلام نشدند، بلکه آنچه عنوان و تصویب شد ضرورت تعریف جرم سیاسی بود. با مراجعه به مذاکرات مجلس خبرگان مرحوم آیت الله شهیدبهشتی (نایب رئیس) در پاسخ به این ایراد توضیح می‌دهند که جرائم باید در قوانین کیفری گروه بندی شود و آنجا باید تعریف قانونی پیدا کند. یکی از نمایندگان در مخالفت با حضور هیات منصفه اظهار می‌دارد؛ «هیات منصفه در اینجا کار خبره را نمی کنند و تازه اگر بکنند یک موجوداتی هستند که ضعیف اظهارنظر می‌کنند.» در موافقت با حضور هیات منصفه یک نفر از نمایندگان اظهار می‌دارد که هیات منصفه سابقه اسلامی دارد و آیت الله مکارم شیرازی به عنوان موافق و در پاسخ به نظر مخالف مطرح شده، می فرمایند: «فرمودند در اسلام هیات منصفه نداریم. این کلمه را نداریم ولی محتوایش در فقه ما آمده است که یک عده از فضلا و اهل علم در محضر قاضی حاضر باشند تا جلوی اشتباهات قاضی را بگیرند و به او در تشخیص جرم کمک بکنند. بنابرین این ریشه فقه اسلامی دارد و بعد این مسئله، مسئله ای مترقی است و تعجب می کنم چرا در آن تردید دارند. بنابرین هم مصلحت اجتماعی دارد و هم کمک به احیای عدل می‌کند و هم موافق موازین اسلامی است.» پس از مذاکرات طولانی و مباحث مفصل نمایندگان موافق و مخالف، اصل ۱۶۸ با ۵۷ رأی موافق و دو رأی مخالف و دو رأی ممتنع به شکل فوق به تصویب می‌رسد. (جلسه شصت و یکم صورت مشروح مذاکرات مجلس بررسی نهایی قانون اساسی جلد سوم : ۱۶۸۱-۱۶۷۷)
در ضرورت و توجه به این اصل باید گفت رسیدگی به جرائم سیاسی و مطبوعاتی به طور علنی با حضور هیات منصفه در انقلاب مشروطه نیز مطرح بوده و در اصول ۷۴، ۷۶ و ۷۷ متمم قانون اساسی مشروطه نیز به صراحت آمده است که رسیدگی به جرائم سیاسی و مطبوعاتی باید در محاکم و با حضور هیات منصفه و در دادگاه علنی انجام گیرد اما این اصل در گذشته (سال های ۱۳۵۷-۱۲۸۵)هرگز اجرا نشد و هیچ جرمی را سیاسی ندانستند و در اعتراضات جهانی مرتب تکرار می‌کردند در ایران زندانی سیاسی وجود ندارد. جالب است مشابه این اصل به لحاظ اهمیت آن در اکثر قوانین اساسی کشورها به صورت مشخص و پررنگ آمده است.
برخی از فقها و پژوهشگران معاصر از جمله آیت الله العظمی مرعشی و دکتر فیض، «بغی» را همان جرم سیاسی قلمداد کرده‌اند. بغی عبارت است از خروج و طغیان در برابر امام عادل(ع) ( جعفری لنگرودی ،۱۳۷۸ : ۸۷۲ ) در مقابل بغی آمده است؛ «بغی = بیرون شدن از حد و سامان.» اصطلاحاً مخالفت کردن با اوامر دولت عدل اسلامی است، خواه مخالفت مسلحانه باشد خواه نه. این مخالفت جرم سیاسی است و مجرم را باغی (جمع بغات)گویند.
باغی مسلم است و مال او محترم است اما اگر با دولت بجنگد و در حین جنگ مالی از او تلف شود دولت ضامن تلف شدن مال او نیست. اسیران جنگی که از بغات گرفته می شود، برده نمی شوند و پس از جنگ با آنان نباید فراریان شان را تعقیب کرد و در تعریف بغات ذکرشده در فقه به مسلمانی گفته می شود که علیه پیشوای معصوم دین قیام کرده باشد مانند خوارج نهروان. (جعفری لنگرودی ،۱۳۷۸ :۱۱۲)
حضرت علی (ع) در نهج البلاغه خطاب به اهل بغی می فرمایند تا زمانی که آن ها مخالفت با امام یا توهین و تعریض و انتقاد به امام را به مرحله جنگ نکشانند و دست به اسلحه نبرند حقوق سیاسی، اجتماعی آنان را رعایت خواهد کرد و بنابر قولی سهم آنان را از بیت المال حفظ فرمودند.
آقای دکتر محمدجعفر جعفری لنگرودی تعریف روشنی از جرم سیاسی ارائه داده‌اند:
الف ) جرم ناشی از فکر سیاسی یا از یک مؤسسه و دستگاه سیاسی را گویند.
ب) به معنی اخص جرمی است که مخالف نظم سیاسی خارجی یا داخلی کشور باشد، مانند توطئه برای تغییر شکل حکومت.
در طبقه بندی جرائم، در برابر جرم سیاسی، جرم عادی قرار داده شده و «هر جرمی که عنوان جرم سیاسی را نداشته باشد جرم عادی است».( جعفری لنگرودی ،۱۳۷۸ : ۱۹۱)
البته نکته مثبت قانون جدید تبصره «د-و»آن است که انتقاد از نظام سیاسی یا اصول قانون اساسی یا اعتراض به عملکرد مسوولان کشور یا دستگاه های اجرایی یا بیان عقیده در ارتباط با امور سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و نظایر آن جرم محسوب نمی شود.
۳-۳-۳- اظهارنظر اساتید حقوق راجع به جرم سیاسی
در آبان ماه سال ۱۳۹۲ نشستی با حضور دکترین حقوق جزا در تالار عدالت دانشکده حقوق دانشگاه شهید بهشتی با عنوان «جرم سیاسی و سرگذشت آن در جمهوری اسلامی ایران» صورت گرفت که به شرح ذیل به بیان این نشست می پردازیم :
